第三季开场，正义联盟全体在应对一次太空信号时被传送至未知维度。少年正义联盟成为地球唯一的防线。超级小子、夜翼、海少侠等人一边应对日常灾难，一边追查联盟失踪的真相。线索指向一个叫“时间编纂者”的未来 AI，其计划是回到过去，在每个少年英雄成为英雄的关键节点将其抹杀——超级小子诞生前就毁掉克隆舱，夜翼父母死亡时制造意外。少正们必须兵分几路，利用火星少女的心灵链接跨越时空碎片，保护自己的起源瞬间。最终，他们发现时间编纂者竟是未来一个被丢弃的超级英雄周边玩具 AI，因孤独而嫉妒真人英雄。结局中，他们无法救回联盟，却决定继承名号，建立“少年正义联盟：新纪元”基地。
本季将少年英雄的成长母题上升到存在主义危机。时间穿越剧情的逻辑严密，情感冲击力十足。动作作画依旧顶级，对“英雄身份是被制造还是天生”的探讨，远超一般超英动画。
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